Kim loại molypden không tồn tại ở trạng thái tự do trong tự nhiên. Khoáng vật chính của molypden là molypdenit (molypden disulfide, MoS₂).
Trữ lượng molypden trên trái đất nhỏ, hàm lượng chỉ bằng 0.001% trọng lượng vỏ trái đất, tổng trữ lượng quặng molypden khoảng 15 triệu tấn, chủ yếu phân bố ở Hoa Kỳ, Trung Quốc, Chile, Nga, Canada và các nước khác. Trữ lượng kim loại molypden đã được chứng minh của Trung Quốc là 1,72 triệu tấn, trữ lượng cơ bản là 3,43 triệu tấn, đứng thứ hai thế giới sau Hoa Kỳ. Quặng molypden tập trung ở bốn tỉnh: Thiểm Tây, Hà Nam, Cát Lâm và Liêu Ninh.